EGFRが主導する骨髄系免疫抑制の再編：大腸癌（CRC）における解析リポジトリ

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EGFRが主導する骨髄系免疫抑制の再編：大腸癌（CRC）における解析リポジトリ

EGFRが主導する骨髄系免疫抑制の再編：大腸癌（CRC）における解析リポジトリ

本リポジトリは論文「EGFR Deletion in Myeloid Cells Reprograms the Immunosuppressive Landscape of Colorectal Cancer」を補助する解析コード群を格納します。R Markdownを用いた単一細胞RNA-seq、プロテオミクス、患者コホートの生存解析を中心に、ヒトコホートとマウスモデルを横断する腫瘍微小環境（TME）のデータ解析ワークフローが含まれます（約300字）。

https://github.com/ReniaFari/EGFR_myeloid_CRC

概要

このリポジトリは「EGFRが骨髄系（myeloid）細胞において欠損すると、大腸癌の免疫抑制的環境が再編される」という論文に付随する解析資料を提供します。R Markdownベースの解析ノートが中心で、単一細胞RNA-seq解析、プロテオミクス解析、そして臨床患者コホートの生存解析などを扱うことがREADMEに明記されています。ヒトコホートとマウスモデルの腫瘍微小環境バイオロジーを横断的に扱う設計で、主要な解析出力（図表や中間データ）を再現・検証するための材料を揃えています。

GitHub

リポジトリの統計情報

  • スター数: 2
  • フォーク数: 0
  • ウォッチャー数: 2
  • コミット数: 3
  • ファイル数: 2
  • メインの言語: 未指定

主な特徴

  • R Markdownを中心とした解析ノート群（単一細胞、プロテオミクス、臨床生存データを対象）
  • ヒトコホートとマウスモデルを含む腫瘍微小環境（TME）比較解析のフレームワーク
  • 論文の再現・補助を意図したコードと出力の管理
  • 小規模リポジトリ：解析スクリプト群はscriptsディレクトリに整理

技術的なポイント

本リポジトリは解析手順を再現可能にすることを主眼としたRベースのワークフローを想定しています。単一細胞RNA-seq解析では、データの読み込み・QC（ミトコンドリア遺伝子率や遺伝子数のフィルタリング）、正規化、次元削減、クラスタリング、細胞型アノテーションといった一連のステップをR Markdownで記述する構成が期待されます。複数コホートや種（ヒト／マウス）をまたぐ比較では、バッチ補正やデータ統合（例：Seuratの統合手法やハーモニー的アプローチ）を用いた上で、EGFR陽性・陰性のmyeloid集団の遺伝子発現プロファイル差異を抽出する設計になっています。プロテオミクス解析では、タンパク質定量データの正規化、差次的発現解析、機能解析（パスウェイや免疫関連マーカーの富化解析）を行い、転写系の結果と相補的に解釈できるようにしています。臨床コホートの生存解析については、患者群の層別化（EGFRステータスや免疫関連指標）に基づくKaplan–Meier解析やCox回帰モデルを想定し、統計的にリスク因子を評価します。全体として、再現性の確保のためにR環境と主要パッケージ（例：Seurat / SingleCellExperiment, limma/edgeR, survival, survminer, tidyverseなど）を明示し、R Markdownで結果を逐次出力するワークフローが鍵になります。

プロジェクトの構成

主要なファイルとディレクトリ：

  • README.md: file
  • scripts: dir

（備考）READMEには「R Markdown analyses for a manuscript」と明記されており、解析ノートやスクリプトは scripts ディレクトリに収められている想定です。実データや大規模成果物は含まれていない可能性があるため、実行には元データの入手や環境設定が必要です。

まとめ

論文解析を再現するためのRベースの解析ノート群を備えた、コンパクトで実務的なリポジトリです（約50字）。

リポジトリ情報：

（注）小規模かつ補助的なリポジトリのため、ローカルでの解析再現にはRのバージョン管理（renvやsessionInfoの利用）や、必要なパッケージ一覧、元データへのアクセス方法が別途必要になる点に留意してください。