MastingCollab — マウンテンレーニアの種子・発芽データ解析コラボレーション

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MastingCollab — マウンテンレーニアの種子・発芽データ解析コラボレーション

MastingCollab — マウンテンレーニアの種子・発芽データ解析コラボレーション

本リポジトリは、Mount Rainier（マウンテンレーニア）における種子（seed）と幼苗（seedling）、および発芽データを収集・整理・解析するためのRプロジェクトです。ETH（Janneke Hille Ris Lambersグループ）とUBC（Temporal Ecologyグループ）との共同研究のために作成されたコピーで、2009年から2024年にかけてのトラップ内発芽データのクリーニング用スクリプトや古いRスクリプト群、プロジェクトのスケジュール資料などを含みます。解析・再現性を意識した構成で、時間的な「マスティング（種子大量生産）」現象の解析や種子・幼苗の動態研究に向いた基盤が整っています。

https://github.com/eleoperret/MastingCollab

概要

Mount Rainier周辺で収集された種子・幼苗データを扱うRベースのプロジェクトです。リポジトリは、トラップ内の発芽個体（germinants）データのクリーニングを行う主要スクリプトや、過去のRスクリプト群、プロジェクト管理用のPDFなどを含み、2009年から2024年の観測を含むデータ処理の流れが整理されています。もともとはETHの研究グループのリポジトリ（Masting-1）のコピーとして作成され、UBCのTemporal Ecologyグループとの共同研究を目的に公開されています。小規模ながら解析の出発点として再現可能性を重視した構成です。

GitHub

リポジトリの統計情報

  • スター数: 1
  • フォーク数: 0
  • ウォッチャー数: 1
  • コミット数: 30
  • ファイル数: 14
  • メインの言語: R

主な特徴

  • トラップ内発芽データ（2009–2024年）のクリーニング用Rスクリプトを収録
  • 研究コラボレーション向けにコピーされたリポジトリで、共同作業のためのメンバー記載あり
  • 過去の解析コード（OldRscripts）を保存し、解析履歴の追跡が可能
  • プロジェクト計画（PDF）を含み、研究スケジュールやタスク管理を明示

技術的なポイント

本リポジトリはRプロジェクト形式（Masting.Rproj）で管理され、解析ワークフローの再現性を意識しています。中心となるスクリプトは「GerminantsinTrapsCleaning_2009-2024.R」で、複数年にわたるトラップ内発芽データの整形、欠損処理、標準化ルールの適用が想定されます。ファイル構成からは、生態学的時間シリーズ（mastingイベントの年次変動や年を跨ぐ種子・幼苗の動態解析）を前提とした前処理フェーズが整備されていることがうかがえます。OldRscriptsディレクトリには過去の解析や試行スクリプトが保存されており、解析手法のバージョン管理や方法比較に役立ちます。プロジェクトスケジュールPDFは、共同研究におけるタイムラインや役割分担を示すことで共同作業を円滑にします。現状はデータ辞書、LICENSE、パッケージの固定（renv等）の設定が明示されていないため、公開データ・コードとしての完全な再現性確保のためにはそれらの追加が推奨されます。Rスクリプト群はデータクリーニングと集計に強く、今後の統計解析（GLMM、時系列解析、masting同期・気候連関解析等）へ拡張しやすい構造です。

プロジェクトの構成

主要なファイルとディレクトリ：

  • .gitignore: file
  • GerminantsinTrapsCleaning_2009-2024.R: file
  • Masting.Rproj: file
  • OldRscripts: dir
  • ProjectTimeschdhule-1.pdf: file

…他 9 ファイル

まとめ

データクリーニングから共同研究まで見据えた小規模なRベースの解析基盤で、拡張と再現性確保が容易。

リポジトリ情報：

READMEの抜粋：

Masting, Seeds and Seedlings (Mt. Rainier)

Mount Rainier Seed and seedling data

22.01.2026. This is a copy of the Masting-1 Repo from the Janneke Hille Ris Lambers Group Lab at ETH for collaboration with the Temporal Ecology (Elizabeth Wolkovich) Group at UBC. I had to make a copy as I could not fork at make the repository public. Please tell me if there are any changes or things that I should do on it. I added Victor, Lizzie and Janneke on it and I hope that everything looks good :)

Updat…