概要

MethMapは、Illuminaの「5-Base Solution」化学を前提にしたメチレーション解析用のPythonツールです。5-Base化学では、メチル化されたシトシン（5mC）のみが選択的にチミンへ変換され、非メチル化シトシンは保持されるという特徴があり、これは従来のビスルファイトシーケンス（BS-seq）とは逆の振る舞いになります。本リポジトリはこの変換モデルに対応し、方向性ライブラリ（Yアダプター）と非方向性ライブラリ（Tn5トランスポザース）の両方を扱えるよう設計されています。さらに、SNVとメチレーションシグナルの識別を組み込んだ解析フローを提供し、リードの前処理からメチレーションコール、変異判別までを一貫して実行できます（約300字）。

リポジトリの統計情報

• スター数: 1
• フォーク数: 0
• ウォッチャー数: 1
• コミット数: 3
• ファイル数: 6
• メインの言語: Python

主な特徴

• Illumina 5-Base化学に特化したメチレーション解析ワークフロー
• 方向性（Yアダプター）と非方向性（Tn5）ライブラリの両対応
• SNV（塩基多型）とメチレーションシグナルの識別機能を内蔵
• Pythonパッケージとして配布可能（pyproject.toml / setup.py 同梱）

技術的なポイント

5-Baseソリューション特有の「メチル化シトシンがチミンに変換される」挙動は、従来のBS-seq解析とは逆向きの解釈を要求します。このため、アライメント戦略やメチレーションコールのロジックを5-Base用に適合させる必要があります。MethMapは方向性ライブラリ（Yアダプター）と非方向性ライブラリ（Tn5）それぞれのリード向きの違いを考慮し、リード処理段階で適切なサブセット化やリードの正規化を行う設計が想定されています。さらに、メチレーション差と塩基多型（SNV）による塩基変化を混同しないために、ポジションごとの支持リードや統計的評価（p値やカバレッジ閾値など）を用いたSNV判別機能を備えている点が重要です。実装面ではPythonパッケージ化（pyproject.toml／setup.py）により、解析パイプラインのモジュール化・再利用が容易で、他ツールとの連携（アライナーやQCツールへの入出力）を想定したI/O設計が可能です。リポジトリ規模は小規模で開発初期段階ですが、5-Base特有の前処理、マッピング後のメチレーション抽出、SNVフィルタリングという解析チェーンを一貫して扱える点が技術的な注目点です（約700字）。

プロジェクトの構成

主要なファイルとディレクトリ：

• CHANGELOG.md: file
• README.md: file
• methmap: dir
• pyproject.toml: file
• setup.py: file

…他 1 ファイル

まとめ

5-Base化学に特化した小規模だが実用的なメチレーション解析ワークフローを提供するPythonツール群です（約50字）。

リポジトリ情報：

• 名前: methmap_5base
• 説明: workflow for illumina 5 base
• スター数: 1
• 言語: Python
• URL: https://github.com/hengbingao/methmap_5base
• オーナー: hengbingao
• アバター: https://avatars.githubusercontent.com/u/75200685?v=4

READMEの抜粋：

MethMap

MethMap is a Python tool for methylation analysis using 5-base sequencing chemistry (Illumina 5-Base Solution), in which methylated cytosines (5mC) are selectively converted to thymine while unmethylated cytosines remain unchanged. This is the inverse of traditional bisulfite sequencing (BS-seq).

MethMap supports both directional (Y-adaptor ligation) and non-directional (Tn5 transposase) library preparations, and includes built-in SNV discrimination based on p…