ODesign 設計パイプライン

概要

ODesign-pipeline はタンパク質（protein）、核酸（nucleic acid）、および小分子（small molecule）を対象とした設計ワークフローの骨格を提供するリポジトリです。ジェネレーティブ手法や構造評価、候補のフィルタリングなど設計の主要フェーズを想定したモジュールが含まれ、Web サーバー（https://odesign.lglab.ac.cn/）や詳細な技術報告が公開されています。リポジトリ自体はまだ小規模（ファイル数・コミット数が少ない）ですが、研究用途のプロトタイプ実装・拡張の出発点として有用です。

リポジトリの統計情報

スター数: 17
フォーク数: 0
ウォッチャー数: 17
コミット数: 2
ファイル数: 8
メインの言語: Python

主な特徴

タンパク質・核酸・小分子を対象にした設計ワークフローの骨格を提供
フィルタリング用モジュールやサンプル（examples）を同梱、プロトタイプ開発に向く
Web サーバーや技術報告書の公開により利用例・理論背景が参照可能
Python ベースで拡張しやすく、研究用途のカスタマイズが可能

技術的なポイント

ODesign-pipeline は「設計（generation）→評価（scoring）→フィルタリング（filtering）→出力」という典型的な分子設計の流れを意識した構成を持っています。リポジトリ内の examples ディレクトリは入力例や実行例を示すことで、ユーザーが実験を再現・改変しやすくなっています。filter ディレクトリは候補をふるいにかけるためのルールやスコア基準を置く場所で、実際のパイプラインでは物理化学的制約、相互作用エネルギー、合成可能性など複数の観点での評価関数が想定されます。

技術的には Python によるモジュール化がなされており、外部ツールやモデル（構造予測器、ドッキングソフト、機械学習モデル）をラップして組み合わせることが容易です。README にリンクされた技術報告（technical_report.pdf）やプロジェクト Web ページでは、用いたアルゴリズムや評価指標、サーバー上の UI/UX など、実運用を想定した情報が得られます。現状リポジトリ自体はコミット数・ファイル数が少なくコア部分は限定的ですが、設計ワークフローの拡張点（新しい生成モデルの統合、スコア関数の追加、並列評価の導入など）が明確で、研究チーム内での実証・拡張に適しています。

また、ライセンスファイルが含まれている点は商用利用や再配布を検討する上で重要です。小規模リポジトリゆえに、実運用には外部依存の詳しい確認（Python パッケージ、データセット、外部バイナリ）が必要ですが、Web サーバーと報告書により設計思想や期待される入出力形式が参照できるため、実装の方向性を掴みやすい構成になっています。

プロジェクトの構成

主要なファイルとディレクトリ：

.gitignore: file
LICENSE: file
README.md: file
examples: dir — サンプル実行や入力テンプレートを格納
filter: dir — 候補のフィルタリングロジックやルールを想定したモジュール群

…他 3 ファイル（おそらく小規模なスクリプト、設定ファイル、画像ディレクトリなど）

（補足）README にはプロジェクトロゴや Web サーバーへのリンク、技術報告書ダウンロードリンクが掲載されており、外部ドキュメントから実際の手法や評価結果を確認できます。

まとめ

研究プロトタイプとして拡張しやすい、分子設計ワークフローの骨格リポジトリ。

リポジトリ情報：

名前: ODesign-pipeline
説明: design pipeline for protein, nucleic acid, and small molecule
スター数: 17
言語: Python
URL: https://github.com/The-Institute-for-AI-Molecular-Design/ODesign-pipeline
オーナー: The-Institute-for-AI-Molecular-Design
アバター: https://avatars.githubusercontent.com/u/229080068?v=4

READMEの抜粋：

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