Romosozumab治療の統計解析（Statistical analysis for Romosozumab treatment）

Data
Romosozumab治療の統計解析（Statistical analysis for Romosozumab treatment）

Romosozumab治療の統計解析（Statistical analysis for Romosozumab treatment）

Romosozumab投与に伴う骨密度や有限要素解析（FE）で推定される骨強度の変化を、Pythonで作成されたカスタムスクリプトで解析するリポジトリです。主にDXAによる面密度（脊椎・股関節）、CTによる体積密度（大腿近位部・遠位部・脛骨近位部）、およびFE予測強度（大腿骨・脛骨）を、投与から12か月時点と24か月時点で比較し、中央値（IQR）を報告、対応のある非パラメトリック検定（Wilcoxon検定）を用いて群内変化を評価しています。解析再現性や可視化の拡張が期待される小規模なPythonベースの解析コード群です。

https://github.com/Rezakaka/statistical-analysis-for-Romosozumab-treatment

概要

本リポジトリは、Romosozumabという抗骨粗鬆症薬の治療前後（ここでは投与12か月と24か月）の骨関連指標を比較するための統計解析用Pythonスクリプトを収めています。対象となるデータはDXA（areal BMD）、CT（volumetric BMD）、および有限要素解析（FE）で推定した骨強度で、結果は中央値と四分位範囲（IQR）で示され、対応のある非パラメトリック検定（Wilcoxon signed-rank test）を用いて有意差を検討します。現状は解析本体が1ファイルにまとまった簡潔な構成で、臨床画像由来の連続変数を扱う生物統計解析のワークフローを示しています。

GitHub

リポジトリの統計情報

  • スター数: 1
  • フォーク数: 0
  • ウォッチャー数: 1
  • コミット数: 4
  • ファイル数: 2
  • メインの言語: Python

主な特徴

  • DXA（脊椎・股関節）、CT（大腿・脛骨）、FE推定強度を対象とした時系列比較解析を実装
  • 中央値（IQR）による記述統計とWilcoxonの対応検定を採用した非パラメトリック解析
  • シンプルなPythonスクリプト構成で解析フローの再現が容易
  • 臨床画像由来の定量指標をそのまま解析できる設計（データ整形・検定・出力）

技術的なポイント

本解析はペアデータ（同一被験者の12か月 vs 24か月）を想定した手法が中心で、分布仮定に依存しないWilcoxon signed-rank testを用いる点が特徴です。報告指標は中央値と四分位範囲で、外れ値や非正規分布に対してロバストな記述が可能です。入力データはDXAのareal BMD（g/cm2）、CTのvolumetric BMD（mgHA/cm3など）、および有限要素解析で算出される破壊強度など、単位やスケールが異なる複数の連続変数を含むため、前処理（単位統一、欠測値処理、対応ペアの同期化）が重要になります。コード実装面では、一般にpandasでのデータフレーム整形、numpyによる数値処理、scipy.statsのwilcoxon関数を利用していることが想定されます（READMEに記載の処理内容から推定）。解析結果の解釈を助けるため、効果量（例えば中央値差の信頼区間やr指標）や多重比較補正（BonferroniやFDR）を追加すると統計的信頼性が向上します。加えて、可視化（箱ひげ図、差分プロット）、入出力フォーマットの明示、依存関係の固定（requirements.txtや環境ファイル）、およびサンプルデータやJupyterノートブックの添付は再現性と利用性を高める実用的改善点です。有限要素解析由来の変数は分布が偏ることが多いため、対数変換やロバスト統計の採用も検討に値します。

プロジェクトの構成

主要なファイルとディレクトリ：

  • README.md: file
  • ROMO_stats_code.py: file

まとめ

臨床画像指標のペア比較に特化したミニマルなPython解析集。再現性強化の余地あり。

リポジトリ情報：

READMEの抜粋：

statistical-analysis-for-Romosozumab-treatment

Statistical Analyses Statistical analyses were completed using a custom-built Python script to compare month-24 measures of DXA-derived areal BMD (spine and hip), CT-derived volumetric BMD (proximal femur, distal femur and proximal tibia), and FE-predicted strength (proximal femur and tibia) to month-12 measures. Results are presented as medians (IQRs), and the non-parametric Wilcoxon tests were used to investigate potential changes between months…